PROTEÔMICA DO CÂNCER: ISOFORMAS DE SPLICING ALTERNATIVO COMO POTENCIAIS MARCADORES MOLECULARES DE TECIDOS TUMORAIS
Palabras clave:
câncer, exon-skipping, marcadores, proteômica.Resumen
Resultados recentes indicam que a espectrometria de massas (MS) é capaz de detectar proteínas que diferem daquelas descritas pela anotação referência do genoma humano (proteínas alternativas). Em trabalho anterior, usamos dados de MS e identificamos, para 19 genes, proteínas alternativas geradas pela tradução de transcritos contendo exon-skipping. O estudo do proteoma em linhagens celulares tumorais revelou um número de proteínas alternativas aproximadamente 10 vezes maior do que em tecidos normais. No presente trabalho buscamos em dados públicos de espectrometria de massa de adenocarcinoma de colon e colon normal pela presença de 14 isoformas geradas por splicing alternativo previamente detectadas em tecidos humanos normais. Assumindo uma taxa de falso-positivo menor do que 1%, observamos que variantes dos genes HNRNPAB (sem o exon 6) e FN1 (sem o exon 25) foram detectadas nas amostras de cólon tumoral, mas não em cólon normal e portanto representam potenciais marcadores de adenocarcinoma de cólon.
Citas
Kim E, Goren A, Ast G. Alternative splicing: current perspectives. Bioessays. 2008;30(1):38-47.
Wang ET, Sandberg R, Luo S, Khrebtukova I, Zhang L, Mayr C, et al. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature. 2008;456(7221):470-6.
Kelemen O, Convertini P, Zhang Z, Wen Y, Shen M, Falaleeva M, et al. Function of alternative splicing. Gene. 2013;514(1):1-30.
Pickrell JK, Pai AA, Gilad Y, Pritchard JK. Noisy splicing drives mRNA isoform diversity in human cells. PLoS Genet. 2010;6(12):e1001236.
Angel TE, Aryal UK, Hengel SM, Baker ES, Kelly RT, Robinson EW, et al. Mass spectrometry-based proteomics: existing capabilities and future directions. Chemical Society reviews. 2012;41(10):3912-28.
Lawrence RT, Perez EM, Hernandez D, Miller CP, Haas KM, Irie HY, et al. The proteomic landscape of triple-negative breast cancer. Cell reports. 2015;11(4):630-44.
Ramalho R, Li S, Radivojac P, Hahn M. Proteomic evidence for in-frame and out-of-frame alternatively spliced isoforms in human and mouse. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics / IEEE, ACM. 2015.
Kim S, Pevzner PA. MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics. Nature communications. 2014;5:5277.
Elias JE, Gygi SP. Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry. Nature methods. 2007;4(3):207-14.
Gardina PJ, Clark TA, Shimada B, Staples MK, Yang Q, Veitch J, et al. Alternative splicing and differential gene expression in colon cancer detected by a whole genome exon array. BMC Genomics. 2006;7:325.
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