PROTEÔMICA DO CÂNCER: ISOFORMAS DE SPLICING ALTERNATIVO COMO POTENCIAIS MARCADORES MOLECULARES DE TECIDOS TUMORAIS
Keywords:
câncer, exon-skipping, marcadores, proteômica.Abstract
Resultados recentes indicam que a espectrometria de massas (MS) é capaz de detectar proteínas que diferem daquelas descritas pela anotação referência do genoma humano (proteínas alternativas). Em trabalho anterior, usamos dados de MS e identificamos, para 19 genes, proteínas alternativas geradas pela tradução de transcritos contendo exon-skipping. O estudo do proteoma em linhagens celulares tumorais revelou um número de proteínas alternativas aproximadamente 10 vezes maior do que em tecidos normais. No presente trabalho buscamos em dados públicos de espectrometria de massa de adenocarcinoma de colon e colon normal pela presença de 14 isoformas geradas por splicing alternativo previamente detectadas em tecidos humanos normais. Assumindo uma taxa de falso-positivo menor do que 1%, observamos que variantes dos genes HNRNPAB (sem o exon 6) e FN1 (sem o exon 25) foram detectadas nas amostras de cólon tumoral, mas não em cólon normal e portanto representam potenciais marcadores de adenocarcinoma de cólon.
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